正光五年（公元524年）初，平城以北沃野镇、怀朔镇、武川镇、抚冥镇、柔玄镇、怀荒镇等6个军镇，因军户地位急剧下降，镇将与豪强贪婪残暴压迫剥削，柔然主阿那瓌率部南侵洗劫，以及塞北大旱给六镇地区造成了严重饥荒，使得饱受压迫的六镇军户无以活命奋起反抗，于是魏末声势浩大的人民起义终于首先在六镇地区爆发。义军连克临淮王元彧、尚书令李崇，控制了全部六镇地区。元彧连败被魏廷削去官爵，李崇告病辞官。
孝昌元年（公元525年）北魏朝廷于三月请求柔然主阿那瓌出兵助剿义军，同时任命广阳王元渊为大将军从平城进军，夹击武川、沃野等地义军。六月，元渊施诱降之计，使西部敕勒脱离义军，接着又设计伏击义军。破落韩拔陵中计，义军大败。随后，义军又在两方夹击之下，大败于五原，被迫降魏者20余万，破落韩拔陵下落不明，六镇起义失败。
平定六镇起义后，关于20余万六镇降户安置问题，朝廷没有听从元渊意见，而是把他们迁徙至河北地区。因河北也是饥荒连年，朝廷不给赈济，根本无食可就。加上六镇军民留恋本土，于是再举义旗，爆发河北起义。孝昌元年八月，柔玄镇兵杜洛周在燕州上谷率领降户起义，进兵围攻燕州治所广宁。九月，朝廷急诏幽州刺史常景布防阻止义军南下。杜洛周率军西进桓州，六镇降户纷纷参加义军，杜洛周势力迅速扩大。次年正月，安州戍兵2万余人起兵响应杜洛周，随后与杜洛周义军在军都关大败官军，二军胜利会师，打开南下幽州的通道。四月，义师挥师南下，在蓟城大败官军，阵斩幽州都督李琚。
孝昌二年（公元526年）正月，六镇降户鲜于修礼于在定州西北的左人城举起义旗，内迁降民和流民纷纷响应，义军迅速发展至十余万人。义军击败前来进攻的中山太守赵叔隆，兵锋直逼中山。朝廷派大都督长孙稚、河间王元琛率军进剿。四月，鲜于修礼率义军至滹沱河迎击官军，由于元琛畏怯不进，义军大败长孙稚，官军溃败。
与此同时，关陇地区在正光五年四月，高平镇民赫连恩等聚众起义，推举敕勒酋长胡琛为高平王，响应六镇起义。六月，秦州城民薛珍、刘庆等人因刺史李彦刑政酷虐起兵反抗，杀李彦，推举羌人莫折大提为帅。莫折大提自称秦王，攻占高平镇。莫折大提不久病卒，众人推其子莫折念生继任秦王，念生改称天子，设置百官，改元\"天建\"。北魏朝廷急诏雍州刺吏元志进剿。十一月，义军大将莫折天生连败元志军，攻占岐州治所雍城镇，生俘元志，屯军黑水，兵锋直逼雍州长安。同时，莫折念生命部将卜朝等率军从北道进攻泾州。大败北魏薛峦等军。十一月，高平镇民袭杀秦州义军将领卜朝，迎胡珲入据高平镇。翌年四月，胡琛命将领万俟丑奴、宿勤明达率军东进泾州。两路义军进展顺利，声势浩大，震动关中。
孝昌元年正月，北魏征大都督萧宝夤、都督崔延伯来黑水以西拒敌。义军有十余万人，而官军只有5万，但莫折天生恃众骄矜，主力前锋部队被名将崔延伯击败，遂全军溃散，损失将士近十万人，秦州义军转入低潮。四月，高平胡琛命将领万俟丑奴、宿勤明达率军东进泾州。魏军萧宝夤、崔延伯带甲卒十二万，铁马八千匹，移师泾州，气势甚盛。万俟丑奴屯军于泾州西北的当原城，派轻骑诱敌，崔延伯自泾州北上，万俟丑奴遣使诈降麻痹官军，然后突然发动进攻，宿勤明达从东北，万俟丑奴从西面，两路夹击，歼灭官军2万余人。崔延伯退回安定耻于前败，不使主帅萧宝夤知道，孤军偷袭义军。义军奋勇迎战，再次大败官军，并阵斩崔延伯，关陇义军由低潮转向高潮，双方展开拉锯，萧宝夤苦苦支撑。
东面疆域，孝昌元年正月十五，徐州刺史元法僧据城反叛，害死行台高谅，自称宋王，年号天启，派其子元景仲归顺萧衍。肃宗下诏让镇军将军、临淮王元彧，尚书李宪为都督，卫将军、国子祭酒、安丰王元延明为东道行台，骠骑大将军、徐州刺史只七月叛乱平定。接着南方叛乱，十二月朝廷任命临淮王元彧为征南大将军，率军讨伐鲁阳蛮族，战况焦灼。
另，孝昌元年十二月十二日，山胡刘蠡升正式造反，在云阳谷称天子，改元神嘉，设置百官，活动于汾晋之间。他们虽然与义军并未结盟攻打北魏，但割据一方犹如癣疾。
孝昌二年四月，各地战火频频吃紧，北魏朝廷一片焦头烂额。十五日临时早朝，灵台后端坐龙书案后，怒气冲冲的看着丹陛之下的两个人，正是大都督河间王元琛和都督长孙稚。
小皇帝元诩看着长孙稚，问道：“长孙爱卿一向用兵如神，为何今日一败涂地？”
长孙稚流泪道：“陛下，前者我曾经上奏，我与元琛同在淮南共事时，元琛因不听正确意见而导致失败，我们之间嫌隙颇深，我实难接受他的调遣希望朝廷给予调节，但朝廷没有准许。这回，等到我们进军呼沱时，战事仓促敌情不明，本出战不利，而元琛却强迫我冒进。结果我前军进到五鹿遭到伏击，而元琛没有依照计划前后呼应驰援才致使我军一败涂地。”
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